Keberadaan Madrasah Aliyah Negeri 6 Jombang sebenarnya sudah berdiri dalam waktu yang cukup lama. Dari hasil riset kepada pelaku sejarah berdirinya Madrasah ini sebagai berikut
Madrasah Aliyah Negeri 6 Jombang pertama kali berdiri dengan nama Madrasah Aliyah Taman Pendidikan Islam (MA TPI) pada tahun 1977 di bawah naungan Yayasan Taman Pendidikan Islam, berlokasi di Desa Kebonsari Mojoagung.Pada Tahun 1983 Madrasah Aliyah Negeri Kebonsari berstatus Fillial dengan Madrasah Aliyah Negeri Rejoso Peterongan Jombang yang dipimpin oleh H. Sukardi. Kemudian pada tahun 1997 berdasarkan S.K Menteri Agama RI nomor 107 / 1997 tanggal 17 Maret 1997 tentang pembukaan dan penegerian Madrasah maka status fillial dihapus sehingga manjadi Madrasah Aliyah Negeri Kebonsari Mojoagung dengan kepala Madrasah Drs. H. Masykur Anhari,SH. yang terletak di Desa Kebonsari Kecamatan Mojoagung Jombang.
Pada tanggal 10 Maret 2000 Madrasah Aliyah Negeri Kebonsari Mojoagung berpindah tempat ke Desa Murukan Kecamatan Mojoagung Kabupaten Jombang Provinsi Jawa Timur. Perpindahan ini terjadi atas inisiatif dari Ketua BP3 (sekarang disebut Komite) KH.Achmad Hamzah yang disepakati oleh KH.Masjkur Anhari,SH kepala Madrasah waktu itu. inisiatif ini didasari atas perbedaan pendapat antara Ketua Yayasan MA TPI dan pihak Madrasah tentang ditetapkannya status Negeri yang diterima oleh MAN Kebonsari Mojoagung. Lokasi tempat didirikannya Madrasah ini berada di Desa Murukan Kecamatan Mojoagung Kabupaten Jombang Provinsi Jawa Timur dengan lokasi seluas 5.712 meter persegi yang merupakan Wakaf dari KH.Achmad Hamzah, H.Rusdy,SH dan Tanah Kas Desa Murukan yang tersertifikasi Wakaf dengan Muwakkif oleh KH.Achmad Hamzah dan Nadlir Ketua H.Rusdy, SH, Sekretaris Moh. Syaikhul Hadi, S.Pd.I, Bendahara Fatoni, Pembantu 1. M.Munir, Pembantu 2 Ama Noor Fikri.
Kepala Madrasah sejak ditetapkannya nama Madrasah Aliyah Negeri Kebonsari Mojoagung sampai dengan sekarang MAN 6 Jombang yaitu : 1) Drs. H.A Masjkur Anhari, S.H 1997 – 2002, 2) H. Achmad Masduqi Machmud, B.A 2002 – 2004, 3) Drs. H. Muhtar Ahmadi 2004 – 2007, 4) Drs. Fatoni, M.Pd.I 2007 – 2011, 5) Drs. Suryanto, M PdI. 2011 – 2017 ,6 Fahmie Amrullah, S.Pd.2017-sekarang.
Dari peryataan diatas bahwa Madrasah Aliyah Negeri 6 Jombang dari sejak berdiri tahun 1997 sampai sekarang telah berumur 24 tahun dan telah berganti nama sebanyak 4 kali yaitu MA TPI, Madrasah Aliyah Negeri Filial Rejoso Jombang dan akhirnya sampai sekarang menjadi Madrasah Aliyah Negeri 6 Jombang, dan sejak ditetapkan menjadi Madrasah Aliyah Negeri 6 Jombang sampai sekarang telah berganti Kepala Madrasah sebanyak 6 (lima) kali.