Pada saat situasi dan kondisi yang sering berubah sekarang ini banyak sekali pengaruhnya terhadap kestabilan belajar siswa. Tidak hanya membuat bingung siswa dan orang tuanya tetapi para guru yang berkwajiban untuk mengajar meskipun wabah covid-19 masih berlangsung. Oleh karena itu MAN 6 Jombang, madrasah yang terletak di Provinsi Jawa Timur ini selama masa pandemi covid-19 pembelajarannya dilaksanakan dengan berpedoman pada panduan kurikulum darurat yang diterbitkan oleh Kemenag RI dengan tetap memperhatikan protokol kesehatan, keamanan, keselamatan dan pembelajaran bermutu yang sudah dilaksanakan sekarang ini. Pembelajaran yang dilaksanakan dari rumah dengan menggunakan jaringan aplikasi E-Learning dengan alamat http://sisma.ddns.net:8094/.